| Суббота, 27.04.2024, 08:16 | Главная | Регистрация | Вход |
|
|
Аутосомные и XY-сцепленные признаки!!! - Страница 18 - Форум / ForumАутосомные и XY-сцепленные признаки!!! - Страница 18 - Форум / Forum
|
Аутосомные и XY-сцепленные признаки!!!
|
|
| genetika-guppy | Дата: Воскресенье, 18.07.2010, 01:43 | Сообщение # 426 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (JS) Сергей,
ген.анализ предусматривает анализ всего потомства (потери учитываются тоже, т.к. могут нести инфу о связанности исследуемого признака "летальным" геном), а ты спокойно откинул 30%, хотя они могут полностью изменить картину (признак есть, но не видим из-за фоновой).
Предположим, что они все одинаковы и ты получишь теоретическое соотношение 2:1 или 1:2, а если 50:50 то останешься при своих 1:1.
Якоб, фоновая не при чем - на светлых контуры пятен также видны (синтез не полностью подавлен), да и соотношение останется тем же - фоновая может скрыть признак, но не соотношение генотипов в расщеплении - генетику не изменит фоновая... А цитата Сторожева - вообще не про это была, так что не к месту она... Так что не нужно придумывать... 
|
| |
| |
| JS | Дата: Воскресенье, 18.07.2010, 01:57 | Сообщение # 427 |
|
Генерал-майор
Группа: Пользователи
Сообщений: 431
Статус: Offline
| Ну а эти 9 - они явно не Crossover, чтобы их отбрасывать.
Ты используешь 2/3 самок и говоришь о соотношении 1:1.
у этих 9 признак или есть или нет, третьего не дано 
|
| |
| |
| Oz | Дата: Воскресенье, 18.07.2010, 09:24 | Сообщение # 428 |
|
Полковник
Группа: Пользователи
Сообщений: 250
Статус: Offline
| Да нет, Яков. Если мы уже однозначно знаем, что на светлой фоновой просто не видно чёрной пигментации, то этих особей можно исключить из рассмотрения. Это правильно. Если их не исключить, то при достаточно большой выборке мы получим, что в покровном признаке чёрной пигментации участвует и наличие чёрного пигмента в фоновой. А мы это уже и так знаем. Зачем усложнять. Тут и так всё не так просто. Это как раз хороший пример, когда на основе уже имеющихся знаний, мы продвигаемся вперёд.
По поводу ХУ-сцепленности я хочу предупредить, что нас могут ожидать подводные камни. Поскольку речь идёт о гомологичных участках половых хромосом, при кроссинговере гены могут переходить от Х к У и наоборот. Это может происходить у самцов первого поколения, и во втором мы можем получить непредсказуемые результаты.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Воскресенье, 18.07.2010, 11:51 | Сообщение # 429 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (JS) Ну а эти 9 - они явно не Crossover, чтобы их отбрасывать.
Ты используешь 2/3 самок и говоришь о соотношении 1:1.
у этих 9 признак или есть или нет, третьего не дано Якоб, нужно уметь правильно выделять простые признаки... Quote (Oz) По поводу ХУ-сцепленности я хочу предупредить, что нас могут ожидать подводные камни. Поскольку речь идёт о гомологичных участках половых хромосом, при кроссинговере гены могут переходить от Х к У и наоборот. Это может происходить у самцов первого поколения, и во втором мы можем получить непредсказуемые результаты. Тут много чего может быть, но мы к этому готовы...
|
| |
| |
| JS | Дата: Воскресенье, 18.07.2010, 12:01 | Сообщение # 430 |
|
Генерал-майор
Группа: Пользователи
Сообщений: 431
Статус: Offline
| Так это больше похоже на: "один пишем, два на "ум" пошло".
Если здесь имеется виду расщепление по фоновой (серая со светлой в F2 расщепление в соотношении 1:2:1 (серая, гибридная,светлая), то соотношение для отбрасываемых лежит при соотношении 3:1 (3 с пигментацией, 1 - без).
В этом смысле пример с родителями серой и светлой фоновых достаточно неудачен для расматриваемого признака.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Воскресенье, 18.07.2010, 12:11 | Сообщение # 431 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (JS) Так это больше похоже на: "один пишем, два на "ум" пошло".
Quote (JS) В этом смысле пример с родителями серой и светлой фоновых достаточно неудачен для расматриваемого признака. Якоб, распиши этот крест, если бы у светлых были пятна или не было пятен в хвосте, сравни с полученным результатом и ты все поймешь сам...
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Понедельник, 19.07.2010, 00:11 | Сообщение # 432 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Для тех, кто возможно сомневается в правомерности использования светлой фоновой в ген. анлизе признаков, связанных с черной пигментацией, могу сказать, что гены фоновых окрасов - аутосомные и наследуются независимо от генов, связанных с половыми хромосомами. Именно поэтому ген. анализ ведется только по рыбам с серебрянной и серой фоновыми окрасами. Т.о. в каждом фоновом окрасе соотношение в расщеплении простого признака не будет меняться - просто у рыб со светлой фоновой мы его не увидим в фенотипе, а в генотипе отношение будет тоже самое... Главное на первом этапе научиться разделять сложные признаки на простые и анализировать каждый из них отдельно...
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Понедельник, 19.07.2010, 00:25 | Сообщение # 433 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Oz) Остальные 7 самцов желтохвостые? Есть ли у самцов чёрная пигментация? Есть ли у этих самок жёлтый цвет в хвосте? Остальные 7 самцов - эндлеры - естественно с черной пигментацией... У самок желтый есть в хвосте - но черный основной...
|
| |
| |
| Oz | Дата: Понедельник, 19.07.2010, 11:10 | Сообщение # 434 |
|
Полковник
Группа: Пользователи
Сообщений: 250
Статус: Offline
| С чёрной пигментацией всё было просто. Её хорошо видно, и сама фоновая хорошо определяется. С жёлтым и красным пигментами так легко не выйдет. Да и не выходит по результатам крестов никакой приличной гипотезы. Надо пересмотреть всю рыбу, особенно со светлой фоновой на предмет наличия красного и жёлтого пигментов. Если такой возможности нет, то нужно ставить другой крест и брать рыб с одинаковой фоновой, и желательно без чёрного.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Понедельник, 19.07.2010, 14:02 | Сообщение # 435 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Oz) жёлтым и красным пигментами так легко не выйдет. Да и не выходит по результатам крестов никакой приличной гипотезы. Надо пересмотреть всю рыбу, особенно со светлой фоновой на предмет наличия красного и жёлтого пигментов. Если такой возможности нет, то нужно ставить другой крест и брать рыб с одинаковой фоновой, и желательно без чёрного. Тут нужно еще учитывать, что эритрофоры (красные пигментные клетки) из ксантофоров (желтые) образуются в первые дни (часы) жизни... Рыбу пересмотреть можно - у всех самцов (с серой, серебрянной и светлой фоновой) есть красный цвет. У самок со светлой фоновой красная часть верхней части хвоста и отсутсвие пигментации - пополам (4 и 5). У самок с серебрянной и серой фоновой красного нет вообще. Но у F1 от первого креста красный в хвосте проявился с возрастом у всех самок - только через год...
|
| |
| |
| Oz | Дата: Вторник, 20.07.2010, 09:28 | Сообщение # 436 |
|
Полковник
Группа: Пользователи
Сообщений: 250
Статус: Offline
| Quote (genetika-guppy) Тут нужно еще учитывать, что эритрофоры (красные пигментные клетки) из ксантофоров (желтые) образуются в первые дни (часы) жизни... Ты хочешь сказать, что возможно есть ген, который мешая образоваться ксантофорам, тем самым не даёт образоваться и эритрофорам? Т.е. как только убирается жёлтый цвет, вместе с ним пропадает и красный?
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Вторник, 20.07.2010, 11:40 | Сообщение # 437 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Oz) Ты хочешь сказать, что возможно есть ген, который мешая образоваться ксантофорам, тем самым не даёт образоваться и эритрофорам? Т.е. как только убирается жёлтый цвет, вместе с ним пропадает и красный? Нет, конечно. Но генетика у этих клеток во много схожая. Считается что после такой дифференцировки эти клетки уже разные, но все возможно (мутации и т.п.)...
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Вторник, 20.07.2010, 22:47 | Сообщение # 438 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Продолжаем разбирать второй крест... Интересно фоновые окрасы получились по соотношению - 27 : 12... На серых, серебрянных и светлых не похоже - ни по количеству классов, ни их по соотношению (если отличие было по двум генам). А вот если отличие было всего по одному гену - черный пигмент - все встает на свои места: всего 39 рыб в F2 - значит теоретически рассчитанное кол-во классов в генотипе 4 (для одного гена) - 39 / 4 = 9,75 - общеей количество особей делим на кол-во классов в генотипе. 27 / 9,75 = 2,77 (количество особей из каждого класса делим на 10) 12 / 9,75 = 1,23 (тоже самое) При этом один самец из 12 имел черноту в хвосте при фенотипе светлой фоновой - мутант или кроссовер? Кроссовер - маловероятно, поскольку все гены фоновых рассположены на разных хромосомах. Интересно, откуда тогда такой фоновый окрас? Вот и классическое Менделевское расщепление 3:1... Видимо эндлеры с серебрянной фоновой все таки были - с рецессивом по желтому - действительно, присмотревшись внимательно - у папашки желтого не нашел в окрасе - его не было и у светлых... Генетический анализ еще и фоновый окрас родителей может установить... Полезная опция...  Генотип фоновых окрасов у эндлеров - MM GG EE xx Генотип фоновых окрасов алых - mm GG EE xx 
|
| |
| |
| Oz | Дата: Среда, 21.07.2010, 18:30 | Сообщение # 439 |
|
Полковник
Группа: Пользователи
Сообщений: 250
Статус: Offline
| Ты неправильно считаешь. 27:12 это никак не 3:1. Это уже скорее 2:1. А ещё точнее 11:5. А если посчитать фоновую у самцов и самок отдельно, что получается?
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 21.07.2010, 21:59 | Сообщение # 440 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Oz) Ты неправильно считаешь. 27:12 это никак не 3:1. Это уже скорее 2:1. А ещё точнее 11:5. А если посчитать фоновую у самцов и самок отдельно, что получается? Это не я так считаю, Игорь, а Александр Сергеевич Серебровский - наш классик-генетик и основатель школы отечественного генетического анализа. Все дело в том, что в основе генетического анализа лежит гипотеза о кол-ве генов, которые отвечают за определенный признак. Читай подробнее об это в этой статье: http://genetika-guppy.my1.ru/publ....3-1-0-9 Так что бездумное деление одного числа на другое - это путь в никуда. Типичная ошибка начинающего селекционера (я сам так раньше думал). Сначала нужно сделать предположение о количестве генов (гипотеза), отвечающих за развитие признака, потом необходимо рассчитать кол-во возможных генотипов в F1 и F2, после чего уже сравниваем эти данные с теми результатами, которые мы получили в реальной жизни. Только такой генетический анализ покажет и расскажет нам правду о генетике признака. Что касается самцов и самок - там соотношение точно такое же: самки - 28 / 4 = 7 19 / 7 = 2,71 (серебрянная фоновая) 9 / 7 = 1,28 (светлая фоновая) Т.е. 3:1 самцы - 11 / 4 = 2,75 8 / 2,75 = 2,9 (серебрянная фоновая) 3 / 2,75 = 1,09 (светлая фоновая) Снова 3:1... Так что тут все четко, как в аптеке
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Четверг, 22.07.2010, 00:49 | Сообщение # 441 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Oz) У меня тоже кресты похожего типа. Но сначала давай проанализируем эти данные. Игорь, давай теперь твои кресты проанализируем и сравним... 
|
| |
| |
| Oz | Дата: Четверг, 22.07.2010, 10:35 | Сообщение # 442 |
|
Полковник
Группа: Пользователи
Сообщений: 250
Статус: Offline
| Quote (genetika-guppy) Так что бездумное деление одного числа на другое - это путь в никуда
Это не совсем так. Бездумное применение теории - это путь в никуда. Разница между нами, что ты биолог-теоретик, ты выдвигаешь теории и двигаешь науку, а я биолог-практик, я каждый день сталкиваюсь с фактом несоответствия теории и практики, я отбираю зёрна от плевел, пытаясь понять, где в теории перемудрили, а где действительно реальное зерно.
Вот ты предположил, что мы имеем дело с одним геном. И далее по Серебровскому "подогнал" свой результат под эту гипотезу. А я считаю, что "подгонять" результат нельзя, "подгонять" надо теорию под результат, поскольку результат показывает истинное положение вещей.
Я предположу, что в этом признаке участвуют 2 гена. А теперь считаем по Серебровскому.
Количество классов - 16. 39 / 16 = 2.44 27 / 2.44 = 11.07 12 / 2.44 =4.92 И вот мы получаем расщепление 11:5. И это практически без "подгонки" тот результат, что мы получили на практике. И поэтому я считаю свою гипотезу более близкой к истине.
Сообщение отредактировал Oz - Четверг, 22.07.2010, 10:38 |
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Четверг, 22.07.2010, 10:58 | Сообщение # 443 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Про биолога-теоретика Игорь это ты конечно загнул... Я вообще 12 лет проработал в лабораториях (и продолжаю по сей день) совсем не теоретических и также как и ты все это время сталкивался с несоответсвием, так что не нужно придумывать того, чего нет... Так что, если ты мне объяснишь свое расщепление 11:5 на примере двух генов (распиши генотипы родителей и двух поколения для такого расщепления, если сможешь), я сделаю вид, что не заметил твой опус про "подгонку результата"... Иначе тебе придется извиняться...
|
| |
| |
| Oz | Дата: Четверг, 22.07.2010, 13:47 | Сообщение # 444 |
|
Полковник
Группа: Пользователи
Сообщений: 250
Статус: Offline
| Ну хорошо, путь не теоретик, хотя в этом нет ничего зазорного. Мне просто так показалось, и я извиняюсь, если обидел.
Подгонку результата я взял в кавычки неслучайно. Я не имел ввиду манипулирование данными. Правильно было бы написать - проверка и корректировка соответствия практически полученных данных с теоретически ожидаемыми результатами. Только это уж больно длинно и запутано. Мы же не на научной конференции. "Подгонка" в кавычках это менее правильно, но вполне хорошо отражает, то что мы делаем с первичными данными.
11:5 - это расщепление, которое не вписывается в гипотезу о фоновых с независимым расщеплением. На мой взгляд есть два пути решения. Первое - гипотеза не верна. А второе - мы что-то не учли. Скорей всего (ну так хочется думать), что второе. И тот самый самец, который светлый с покровным чёрным, на мой взгляд, путь к разгадке.
Согласно гипотезе фоновых окрасов, у рыб со светлой фоновой не может быть чёрного в покровной окраске. Значит это рыба с серой или серебряной фоновой, но по каким-то причинам (ген-ингибитор, болезнь кожи и т.д.) фоновая обесцветилась. Если мы передвинем эту рыбу из светлых в серебрянные, а ещё представим, что и среди самок такое возможно, просто мы этого не видим на самках, и всё пересчитаем ещё раз, то получим расщепление 12:4, что чётко соответствует гипотезе фоновых. А генотип светлых жёлтых самок производителей mmGGeeXX.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Четверг, 22.07.2010, 14:42 | Сообщение # 445 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Oz) 11:5 - это расщепление, которое не вписывается в гипотезу о фоновых с независимым расщеплением. Игорь, я даже больше скажу, это расщепление до сегодняшнего дня вообще в природе не существовало, поэтому и жду от тебя генотипы родителей при которых такое расщепление возможно. Напомню, что для двух генов по классике 9:3:3:1 и если оба гена взаимодействуют, то откуда 11 и 5 получилось? 3+1 = 4 , а 3+3 = 6, тоже самое с 11 - 9+3 = 12, поэтому гипотеза отвергается про два гена и соотношение 11:5. А вот для одного гена все четко получается (см. выше). Безусловно, я мог с фоновой ошибиться, например, может быть MM gg EE XX (эндлеры) и mm gg EE XX (желтый перламутр) - история этих пород мне известна не полностью, но отличие в любом случае по одному гену у них - ген. анализ все четко показал. Quote (Oz) Если мы передвинем эту рыбу из светлых в серебрянные Уж светлые самки от серебрянных четко отличаются, поэтому никуда не нужно их двигать... Этот самец - один из всех, поэтому он не сделает погоды в результатах... Quote (Oz) Значит это рыба с серой или серебряной фоновой, но по каким-то причинам (ген-ингибитор, болезнь кожи и т.д.) фоновая обесцветилась. Ну здесь можно лишь гадать, только на общий результат это не повляет...
|
| |
| |
| Oz | Дата: Четверг, 22.07.2010, 16:53 | Сообщение # 446 |
|
Полковник
Группа: Пользователи
Сообщений: 250
Статус: Offline
| В общем, твой результат 3:1 не сильно отличается от моего 12:4.
Ты предполагаешь разницу только по одному гену, а я по двум.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Четверг, 22.07.2010, 18:37 | Сообщение # 447 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Oz) В общем, твой результат 3:1 не сильно отличается от моего 12:4. Именно так, за исключением того, что у тебя расщепление было сначала 11:5, потом ты переграл на 12:4 и при этом сделал кучу ничем не подтвержденных выводов: Quote (Oz) ген-ингибитор, болезнь кожи и т.д.
Quote (Oz) фоновая обесцветилась
Quote (Oz) Если мы передвинем эту рыбу из светлых в серебрянные
Quote (Oz) ещё представим, что и среди самок такое возможно Вот когда все эти пункты будут тобой доказаны, тогда и будем говорить дальше. Именно поэтому я за научный подход, а придумывать небылиц дело не хитрое - было бы воображение...
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Четверг, 22.07.2010, 19:05 | Сообщение # 448 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Игорь, ты писал, что у тебя тоже есть данные. Давай их разберем, я думаю всем будет интересно...
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Суббота, 24.07.2010, 00:22 | Сообщение # 449 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (genetika-guppy) Игорь, ты писал, что у тебя тоже есть данные. Давай их разберем, я думаю всем будет интересно... Значит видимо нет данных, опять одни слова. Жаль...
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Понедельник, 26.07.2010, 17:41 | Сообщение # 450 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| За последние дней 10 я много анализировал результаты этих крестов: 1) кресилась самка алых (со слабой пигментацией) на самца эндлера - первое поколение - были все варианты - и дикари и краснохвостые самцы - самки с черной пигментацией (не считал к сожалению - не было такой задачи) - второе поколение - 4 из 12 самцов с красным хвостом (3:1), все самки с черной пигментацией и очень слабым красным в хвосте.
В этой теме расписан этот крест: http://genetika-guppy.my1.ru/forum/23-124-1
2) самка желтых перламутровых (со слабой пигментацией на хвосте) на самца эндлера - первое поколение - все одинаковые получились - все хвосты у самцов и самок пигментированы (при этом у самок с возрастом получились красные хвосты в черную точку в основном, самцы - в основном с желтым хвостом и немного красного) - второе поколение - 4 из 11 самцов краснохвостые!!! (3:1), самки со светлой фоновой с прозрачсным хвостом, с черой и серебрянной - с черной пигментацией (все самки без красного в хвосте).
3) самка эндлеров (без пигментации) на самца желтый перламутр (с пигментацией) - первое поколение - все самки без пигментации, а все самцы с пигментацией - второе поколение пока растет... Безусловно данных не достаточно для полного ген анализа, но даже по этим данным у меня получились интересные выводы. Если берется дикая самка без пигментации (мы говорим о генах положения на хвосте черного пигмента, как о простом признаке), то в первом поколении все самки также без пиментации. Если мы возьмем дикого самца и селекционную самку без пигментации, то все самки в первом поколении получаются с пигментацией. По крайней мере для вышеописанных пород (алые, желтый перламутр, эндлеры) эта схема работет и если внимательно проанализировать каждый крест, то напрашивется следующий вывод: 1) у диких самок практически никогда не бывает пигментации на хвосте (хотя иногда встречаются черные пятна и полосы), что может говорить о том, что X-хромосома не несет этих генов. Это доказывает также тот факт, что окраска мужскими половыми гормонами таких самок не приводит к проявлению никаких пятен. Напротив, у диких самцов практически всегда есть какие-либо пятна на хвосте. Таким образом, окраска таких самцов (помимо генов фонового окраса), зависисит от генов положения, которые находятся на Y-хромосоме (за редким исключением). Именно поэтому, в кресте самки эндлера на самца желтый перламутр никогда не будет самок с черной пигментацией в хвосте и это утверждение мы проверим когда второе поколение подрастет (фото я выложу через пару-тройку недель). 2) у селекционных пород и линий с пигментацией на хвосте ситуация иная и два креста с самками разных селекционных пород показали схожее наследование признаков в первом поколении - все самки и все самцы приобрели этот признак. Второе поколение от одного из этих крестов (самка желтый перламутр на самца эндлера) четко показало именно XY-cцепленность этого признака - все самцы и только половина самок несла этот доминантный признак - расщепление 3:1, но отличие по полам очевидно. 3) таким образом, мы видим, что признаки, связанные с Y-хромосомой могут переходить в X-хромосому
(возможно и обратно), причем в случае XY-сцепленности этот обмен может происходить как между гомологичными участками обеих хромосом, а в случае X-сцепленности - между негомологичными участками.
Последний вариант недавно разбирал Владимир Викторович на примере испанцев, но к сожалению был проведен анализ лишь перовго поколения, поэтому говорить уверенно о доминантности или рецессивности признака, типе наследования и количестве генов, отвечающих за этот признак пока не приходится.
|
| |
| |
|
 |  |
