|
Гуппи и кроссинговер
|
|
| genetika-guppy | Дата: Вторник, 01.09.2009, 09:53 | Сообщение # 1 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Иногда в абсолютно чистых гомозиготных линиях мы получаем рыб с отличным от остальных особей фенотипом. Основная причина этого феномена - кроссинговер. Кроссинговер — явление, при котором гомологичные хромосомы обмениваются своими участками. Ученые уже много десятилетий с помощью кроссинговерап составляют генетические карты животных. Гуппи не является исключением. В этой теме я предлагаю собирать материалы по кроссинговеру у гуппи. В статье д-ра Трипати с соавт. собран уникальный материал и построена генетическая карта гуппи: http://genetika-guppy.my1.ru/load/13-1-0-16 Эта карта показывает размер всех хромосом гуппи, а также расположение полоопределяющего участка (хромосома 12) и некоторых генов окраса. В статье было исследовано потомство (около 2000 рыб) от нескольких крестов двух лабораторных линий диких гуппи. В результате средняя частота кроссинговера была следующая: - отсутсвие кроссинговера - 44% - одиночный кросссинговер - 44%, - двойной кроссинговер - 10% - тройной и другие варианты кроссинговера - 0,43% Таким образом, % кроссоверных особей показывает % отклонения от фенотипа в потомстве (в данном случае разных лабораторных линий диких гуппи).
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Суббота, 23.01.2010, 22:54 | Сообщение # 2 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Интересный вывод. Посмотрите какой большой процент кроссоверных особей в целом (по всем генам) и какой он низкий - реально на практике. Именно этот механизм помогает гуппи бороться с инбридингом и другими генетическимии популяционными проблемами.
|
| |
| |
| Oz | Дата: Понедельник, 25.01.2010, 22:42 | Сообщение # 3 |
|
Полковник
Группа: Пользователи
Сообщений: 250
Статус: Offline
| А почему ты решил, что на практике процент кроссоверных особей меньше? На практике мы наблюдаем очень малое, по сравнению со всеми генами, число признаков. Они в основном влияют на внешность гуппи - окраска, форма тела и плавников, размеры и пожалуй всё. Всего остального мы просто не видим.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Понедельник, 25.01.2010, 22:51 | Сообщение # 4 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Oz) А почему ты решил, что на практике процент кроссоверных особей меньше? На практике мы наблюдаем очень малое, по сравнению со всеми генами, число признаков. Они в основном влияют на внешность гуппи - окраска, форма тела и плавников, размеры и пожалуй всё. Всего остального мы просто не видим. Не стоит забывать, что породистые гуппи намного более огомозигоченые и не только по тем генам, которые мы "видим". % кроссинговера конечно такой же, но эффект от него намного меньше - кол-во гомозигот выше и большинство обменов гомологичными участками никакого генетического разнообразия не несут.
Вот это я и имел ввиду. 
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Понедельник, 25.01.2010, 23:12 | Сообщение # 5 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (genetika-guppy) % кроссинговера конечно такой же, но эффект от него намного меньше - кол-во гомозигот выше и большинство обменов гомологичными участками никакого генетического разнообразия не несут. 
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Понедельник, 25.01.2010, 23:45 | Сообщение # 6 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Владимир) хороший подсчет процентов ну как то так 
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Вторник, 26.01.2010, 09:36 | Сообщение # 7 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Владимир) ну есть жизнь на марсе-и это пока не опровергнуть придется поверить на слово
|
| |
| |
| Oz | Дата: Вторник, 26.01.2010, 22:45 | Сообщение # 8 |
|
Полковник
Группа: Пользователи
Сообщений: 250
Статус: Offline
| Посмотрите на это с другой точки зрения. Если известно общее количество генов и процент кроссинговера, то подсчитав количество кроссов по окраске или по фоновым или по плавникам и т.д. можно получить примерное количество генов, учавствующих в образовании окраски, фоновых и плавников. 
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Вторник, 26.01.2010, 22:52 | Сообщение # 9 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Oz) Если известно общее количество генов не известно оно, только совсем примерно
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Вторник, 26.01.2010, 23:14 | Сообщение # 10 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Ну посчитать то можно примерно - взять общее кол-во генов у медаки (правда у нее 24 хромосомы) и разделить на кол-во хромосом у гуппи (23). Но это только совсем примерно получится. 
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 14:29 | Сообщение # 11 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Владимир) ТОГДА УЖ ЛУЧШЕ С ЧЕЛОВЕКОМ СРАВНИТЬ-КОЛ-ВО ХРОМОСОМ ОДИНАКОВОЕ Медака - на сегодняшний день самая близкая из рыб с полностью охарактеризованным геномом. Форма и размер хромосом близки к гуппи, а у человека кол-во генов и размер хромосом сильно отличаются по определению. Сейчас все ихтиологи сравнивают геном гуппи именно с медакой.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 14:52 | Сообщение # 12 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Причина скорее всего в том, медака в отличии от гуппи икромечущая рыба - удобнее изучать эмбриоанальные гены на развивающейся икре - также как и данио, фугу и др. Все они из разных отрядов, но все - икромечущие и всех можно было в итоге между собой сравнивать. У медаки тоже есть разные популяции, которые отличаются фенотипически.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 14:58 | Сообщение # 13 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| По данным этой групы ученых: http://www.nature.com/nature/journal/v447/n7145/full/nature05846.html у медаки 20 141 ген, соответсвенно на 24 хромосомы это будет около 840 генов на хромосому. Умножаем на 23 - получаем около 19 300 генов у гуппи. Так что предположительно на каждой хромосмое у гуппи находится 800-900 генов (на Y-хромосоме должно быть меньше, так как она короче).
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 15:06 | Сообщение # 14 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Это конечно очень приблизительный расчет - все хромосомы отличаются по длинне, есть и 600 генов и 1000.
Я сильно усреднил это кол-во.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 15:37 | Сообщение # 15 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Владимир) А ПРО КРОССИНГОВЕР У МЕДАКИ ТАМ ЕСТЬ ИНФА,НУ И КАК ЕГО УСТАНАВЛИВАЛИ Кроссинговер тут не при чем - он лишь помогает понять расположение и удаление генов друг от друга на хрмосомах. Сейчас используются более точные молекулярно-генетические методы.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 15:45 | Сообщение # 16 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Владимир) ТАК ТОГДА КАКАЯ РАЗНИЦА ИКРОМЕЧУЩИЕ ЭТО ИЛИ ЖИВОРОДЯЩИЕ Чтобы понять его функциональную часть - секвенировать геном просто, но нужно еще понять какие гены за что отвечают. Поэтому развивающаяся икра - очень удобный способ.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 15:51 | Сообщение # 17 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| http://earth.lab.nig.ac.jp/~mbase/ml_base.html Вот тут есть данные по геному медаки.
|
| |
| |
| Oz | Дата: Среда, 27.01.2010, 21:38 | Сообщение # 18 |
|
Полковник
Группа: Пользователи
Сообщений: 250
Статус: Offline
| Quote (genetika-guppy) на Y-хромосоме должно быть меньше, так как она короче
Насколько верны эти сведения именно для гуппи? Есть кариотипирование самок и самцов для наглядности?
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 22:09 | Сообщение # 19 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Oz) Есть кариотипирование самок и самцов для наглядности? Да есть, я посылал фотку Владимиру Викторовичу - разница очевидна. Интересно не это, а то, что почти вся Y-хромосома имеет гомологию с X-хромосомой, а значит способен к рекомбинации и только небольшой участок внутри Y-хромосомы не имеет.
Это значит, что большинство генов может "перпыгивать" из одной хромосомы в другую. Причем полоопределяющий участок достаточно небольшой,а второй - намного больше и видимо как раз он не сильно влияет на физиологию самок при кроссинговере, тем нее менее придавая им определнные цветовые узоры на корпусе и плавниках.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 22:14 | Сообщение # 20 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Владимир) ПРОСТО ЭТО Я К ТОМУ,ЧТО У ГУППИ ПОЛУЧАЕТСЯ 20000 ГЕНОВ-ПРОЦЕНТ КРОССИНГОВЕРА 40%-ПРИКИНЬ ПО СКОЛЬКИ ПРИЗНАКАМ ДОЛЖНЫ ОТЛИЧАТЬСЯ РЫБЫ А так и есть и именно поэтому в инбридинге они нормально живут десятилетиями. Разнообразие аллелй дает им возможность приспособиться. Просто доля генов формы и цвета среди них невилика и мы видим только малую часть правды. Хотя судя по природным популяциям - двух одинаково окрашенных самцов не найти.
Кроссинговер и тут старается...
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 22:34 | Сообщение # 21 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| А самый большой сюрприз - это то, что Y-хромосома больше, чем X-хромосома. поскольку обычно бывает наоборот (фото д-ра Хакана Турессона). 
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 23:34 | Сообщение # 22 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Владимир) А КАК ЖЕ ФОТО - ЧТО МНЕ ПОСЫЛАЛ а вот оно и есть...
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Среда, 27.01.2010, 23:35 | Сообщение # 23 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Владимир) ЗНАЧИТ НУЖНО ЧЕТКО УКАЗЫВАТЬ я стараюсь, могу еще более четко
|
| |
| |
| Oz | Дата: Четверг, 28.01.2010, 21:57 | Сообщение # 24 |
|
Полковник
Группа: Пользователи
Сообщений: 250
Статус: Offline
| По фото видно, что У-хромосома в 2 раза больше Х-хромосомы.
|
| |
| |
| genetika-guppy | Дата: Четверг, 28.01.2010, 22:22 | Сообщение # 25 |
|
Admin
Группа: Администраторы
Сообщений: 2794
Статус: Offline
| Quote (Владимир) тогда с чего ты взял,что У-хромосома короче Берутся самец и самка - у них сравниваются все хромосомы - у самца одна пара (половые хромосомы) не идентичные, далее сравниваются с таковыми у самки и таким образом вычисляется Y-хромосома. Я не утверждаю, что это абсолютная истина но несколько авторов проводили исследования на эту тему и получили такой результат.
|
| |
| |
